事业单位“专用结余”不同于财务会计中的“专用基金”。专用结余仅指从非财政拨款结余或经营结余中提取的基金，而财务会计的专用基金不仅包括从非财政拨款结余或经营结余中提取的基金，还包括从收入中直接提取或按规定直接设置的专用基金。
专用基金的核算基础为权责发生制，专用结余使用的核算基础为收付实现制。从提取、设置或使用“专用基金”的主要账务处理，可以更加清晰地看出“专用基金”科目和“专用结余”科目的区别。
事业单位专用基金是指事业单位按规定提取、设置的有专门用途的净资产。
来源的特定性，按规定主要从事业收入和经营收入以及单位结余中提取形成;用途的特定性，按规定用途使用，专款专用，专门用于固定资产的维修与购置、职工集体福利设施与待遇、职工公费医疗开支等。
分为职工福利基金、医疗基金、修购基金等种类。